Erstmals erwähnt wird «Wegosteton» bereits anno 1246, in einem Brief von Papst Innocenz IV.

Wegenstetten ist in der allemannischen Zeit entstanden. Entdeckte Streufunde weisen auf ur- und frühchristliche Siedlungen und die Anwesenheit der Römer hin. Im Mittelalter gehörte das Dorf zum Einflussbereich der Habsburger.

Anfangs des 19. Jahrhunderts wurde Wegenstetten zum Marktort, ab 1832 fanden jährlich vier Märkte statt. Durch die Eröffnung der Bözbergbahn im Jahre 1884 und die Verbesserung der Hauptverkehrslinien Bözberg, Staffelegg und Hauenstein ging das Interesse am etwas abseits gelegenen Wegenstettermarkt zurück, was im Jahre 1888 zur Aufhebung der Märkte führte.

Wappen
Das Dorfwappen zeigt eine weisse Ringmauer mit vier Zinnen auf rotem Grund. 1364 wurden die beiden Brüder Hans und Konrad von Wegenstetten in Rheinfelden eingebürgert. Hans war von 1389 bis 1394 Schulthess zu Rheinfelden. In seinem Wappen zeigte er eine gezinnte Mauer, welches die Gemeinde Wegenstetten zu ihrem Wappen wählte. Das Wappen hat aber auch grosse Ähnlichkeit mit demjenigen von Muri, was bestätigt, dass Wegenstetten im 13. Jahrhundert dem Kloster Muri unterstand.